Оплата по соглашению

Выставили счет на оплату компании «А». Деньги на расчетный счет поступили от компании «Б» с назначением платежа «Оплата по счету такому-то за компанию «А». Должно ли быть заключено какое-то трехстороннее соглашении о том, что компания «Б» платит за компанию «А», а мы не возражаем? В случае отсутствия такого соглашения могут ли быть претензии со стороны ИФНС в части налоговой базы по НДС, если ИФНС будет аргументировать, что такой платеж нельзя зачесть в качестве оплаты по отгрузке и надо заплатить НДС и с оплаты, и с отгрузки как по разным контрагентам?